入侵者阿古柏及其发行的钱币

同治三年（1864年）六月库车起义爆发后，南北疆各地穆斯林群起响应。清政府在新疆的统治机构基本瓦解，全疆陷入了空前的社会动荡之中。其中以南疆喀什噶尔地区的局势最为复杂。先后有伽师回民头目金相印、维吾尔族伊斯兰教白山派头领托合提麻木提、塔什米力克布鲁特（即柯尔克孜族）头目思的克等相继起事，但为争夺喀什噶尔回城（即疏附）又相互混战，喀什噶尔汉城则由残存的清朝驻军坚守。